Arbre parenthésé -> dot
Description
Conversion d'un arbre parenthésé au format treefile du programme phylip (The Newick format),
en un fichier au format '.dot' pour les programmes 'dot' et 'neato' de graphviz.
Exemples
- Cliquer sur les boutons
- [Exemple] pour écrire l'arbre parenthésé, tel qu'il est donné dans le fichier 'treefile' du programme 'phylip'.
- [Cherche] pour obtenir le graphe pour 'dot' ou 'neato', le recopier dans un fichier ('animaux.dot' par exemple).
- Si l'application 'neato' est installée sur l'ordinateur, effectuer dans une xterm :
neato -Tps -o animaux.ps animaux.dot - Voir le fichier 'animaux.ps' à l'aide de Ghostview ou le convertir en un autre format (PDF, png comme ci-contre ...)
(a,b,c,(d,e,(f,g),h));
(a1,b:1.5,(c:1,d:2,e:3,(((f:1,g:2)))));
- Une restriction, les noms vides pour les feuilles seront acceptés mais
le résultat final par neato ne sera ans doute pas celui qui était escompté :
(A:1,(B:2,,,)); - bouquet de crevettes.
Arbre parenthésé
Arbre
Installation
Vous pouvez récupérer conversion.tar.gz ou
conversion.zip qui créeront le dossier 'conversion'.
Références, liens
Conversions Page d'origine (Pour les mises à jour éventuelles)
Phylogeny Programs (Phylip page)
Centre de Ressources INFOBIOGEN
Graphviz et les logiciels dot, neato
The CompLearn Toolkit et Rudi Cilibrasi
Ghostscript et Ghostview pour MS-Windows (Pour voir et imprimer les fichiers postscript).
Gv (Pour voir et imprimer les fichiers postscript sous Unix).
newicktree To draw a tree in a LaTeX document using newicktree - George Savva - Bioinformatics Research Group
