Arbre parenthésé -> dot

Description

Phylogénie Conversion d'un arbre parenthésé au format treefile du programme phylip (The Newick format),
en un fichier au format '.dot' pour les programmes 'dot' et 'neato' de graphviz.
(Voir la page de conversion d'un Arbre au format parenthésé Newick).

Exemples

    Cliquer sur les boutons
  1. [Exemple] pour écrire l'arbre parenthésé, tel qu'il est donné dans le fichier 'treefile' du programme 'phylip'.
  2. [Cherche] permet d'obtenir le graphe au format .dot pour 'dot' ou 'neato'. Recopier celui ci dans un fichier ('phylogeny.dot' par exemple).
  3. Si l'application 'neato' est installée sur l'ordinateur, effectuer dans une xterm :
    neato -Tps -o phylogeny.ps phylogeny.dot
  4. Voir le fichier 'phylogeny.ps' à l'aide de Ghostview. Essayer aussi d'autres formats
    neato -Tpng -o phylogeny.png phylogeny.dot
Autres exemples :
  1. (a,b,c,(d,e,(f,g),h));
  2. (a1,b:1.5,(c:1,d:2,e:3,(((f:1,g:2)))));
  3. bouquet.
  4. Remarque : les feuilles vides seront nommées Ø, "Ø 1", "Ø 2"... pour ne pas êtres confondues par Neato et Dot.

Arbre parenthésé

Arêtes étiquetées    ou non
Tailles des caractères feuilles :    noeuds :    étiquettes :
Format de la page ratio hauteur/largeur :   
largeur,hauteur :  (inches) 



        

Arbre

Installation

Vous pouvez récupérer latest.tar.gz ou latest.zip qui créeront un dossier 'n2d-*.*' au moment de leur décompression.
Pour installer Graphviz et l'utiliser sous Windows lire ceci.

Références, liens

Arbres phylogénétiques   
Phylogeny Programs   Phylip page, The Newick tree format
Centre de Ressources INFOBIOGEN   
Graphviz   et les logiciels dot, neato
The CompLearn Toolkit   Rudi Cilibrasi
Ghostscript   et Ghostview pour MS-Windows pour voir et imprimer les fichiers postscript.
Gv   pour voir et imprimer les fichiers postscript sous Unix.
NEWICKTREE    newicktree is a LaTeX package that allows the easy drawing of Newick (New Hampshire) format phylogenetic trees, by providing a high level interface to the PSTricks package. On this page you will find links to the newicktree program file, its documentation, installation instructions and contact information. Developer: GEORGE SAVVA.
















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J'essaie de répondre aux questions posées, mais ne lis pas les documents mathématiques amateurs, pas plus que je ne donne mon avis sur les démonstrations des conjectures de Collatz ou autres. Je ne lis pas les documents word, je ne corrige pas les programmes informatiques et depuis des années je n'utilise plus de tableur.

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